La flore
La Vallée du Rhoin est un haut lieu de la botanique en Bourgogne. Les contrastes climatiques ont permis le développement d’espèces méridionales comme d’espèces montagnardes. On compte 15 espèces végétales protégées et 35 espèces remarquables de Bourgogne dans le site Natura 2000.
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La faune
La faune est elle aussi très diversifiée, en particulier concernant :
- les oiseaux : pas moins de 15 espèces de rapaces présentes, ainsi que les 5 espèces de pics connus en Bourgogne. Le Hibou Grand-Duc et le Faucon pèlerin se partagent les falaises.
- les chauves-souris : 13 espèces sont dénombrées, dont le Grand Rhinolophe et le Grand Murin.
- les insectes : les coléoptères bénéficient des arbres âgés ou morts encore très présents dans les forêts du site, tandis que les pelouses calcaires abritent de nombreuses espèces de papillons.