Oiseau d’eau comme le Martin-pêcheur d’Europe, le Cincle plongeur recherche les cours d’eau permanents présentant généralement une forte granulométrie et un courant rapide ou torrentiel. Il se nourrit d’invertébrés aquatiques qu’il recherche dans le lit des rivières qu’il fréquente.
L’établissement du nid, boule de mousse logée généralement dans un creux de rocher, est favorisé par la présence d’infractuosités. Les constructions humaines, ponts, biefs, barrages, sont donc favorables à l’espèce. Parmi les activités néfastes on peut citer le dérangement pouvant être occasionné par les activés de pleine nature comme la pêche.
Dépendant de la productivité des cours d’eau du fait de son alimentation, le Cincle est sensible à la qualité des rivières. Bien qu’on le trouve parfois dans des eaux et habitats médiocres, l’eutrophisation, les rejets d’effluents, l’anthropisation des rives ou encore l’enrésinement des berges sont autant d’activités qui auront un impact négatif sur cette espèce.