La forêt représente 50 % du site Natura 2000 « Les habitats naturels de l’arrière côte de Beaune ». Elle est dominée par les forêts de hêtres, appelées hêtraies.
Les forêts alluviales (91EO*)
Cet habitat linéaire résiduel est souvent remplacé par des prairies. Ces forêts sont reconnues comme « prioritaire à préserver » au niveau européen. Elles sont présentes que sur quelques secteurs : le cirque du Bout du Monde, quelques vallons sous falaise dans la dépression de Saint-Romain et le long du Rhoin.
Hêtraies de l'Asperulo-Fagetum (9130)
Cet habitat est bien représenté sur le site Natura 2000. Il est dominé par le hêtre mais accompagné par des chênes sessiles, des érables, des frênes et tilleul à grandes feuilles. La flore y est commune sauf dans la hêtraie froide, plus rare et de faible surface, où la végétation est très caractéristique : Gymnocarpium robertianum, Cardamine heptaphylla, Actaea spicata.
Hêtraies calcicoles (9150)
Les hêtraies calcicoles sont installées en position de haut et milieu de versant sur des sols calcaires souvent superficiels avec un bilan hydrique faible.
Sur le site Natura 2000, 2 physionomies ont été reconnues : la hêtraie calcicole thermophiles et la chênaie hêtraie à Seslérie (localisé en versant Est de la vallée du Rhoin)
Chênaies pédonculées ou chênaies-charmaies (9160)
Les forêts de chênes, ou chênaies, apparaissent de façon beaucoup plus éparse sur l’ensemble du site et sont liées à des sols superficiels ou très alimentés en eau qui ne permettent pas le développement de la hêtraie. On les retrouve sur les rebords de plateaux à Saint-Romain ou Cormot-Vauchignon.
Il s’agit de forêt de substitution à la hêtraie, apparues suite aux traitements répétitifs en taillis qui a favorisé le Charme et les Chênes au détriment des Hêtres.
Forêts de pentes (9180*)
Ces habitats forestiers occupent souvent des surfaces restreintes. Ils se rencontrent sur des secteurs à pentes fortes et présentant des différences d'exposition marquées. Le climat généralement frais est favorable aux tillaies. Cet habitat est particulièrement bien représenté dans le secteur de Vauchignon et dans les combes de la Vallée du Rhoin.
Les blocs rocheux de différentes tailles retiennent les cailloux et la terre fine. C'est cette terre, riche en éléments nutritifs qui permet l'installation de la végétation.
Ces milieux sont rares car les conditions qui président à leur existence sont peu fréquemment réunies (sols instables). De même l'état de conservation est directement lié à l'accessibilité du site, les secteurs les moins accessibles présentant un état naturel bien conservé.
