En septembre 2007, le réseau français de sites Natura 2000 comptait 1 705 sites couvrant 6,8 millions d'hectares (hors milieux marins), soit 12,4 % du territoire métropolitain terrestre.
La superficie terrestre couverte par le réseau Natura 2000 augmente lentement mais régulièrement, selon les chiffres présentés sur le baromètre européen.
Dans le domaine marin, une forte augmentation a eu lieu en 2014/2015 avec la création de sites en haute mer. L'élargissement s'est poursuivi avec l'ajout de huit nouveaux sites en 2018.
En novembre 2022, le réseau Natura 2000 compte en France 1 756 sites dont 221 sites marins, comprenant :
- 402 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux ;
1 374 zones spéciales de conservation (ZSC) pour les habitats et les espèces.
La superficie totale est de 203 933 km2, ce qui représente 13 % de la surface terrestre du territoire de la France.