Depuis 2006, les collectivités territoriales sont en charge de la mise en œuvre de la politique Natura 2000 sur leur territoire.
A ce titre, elles ont pour mission de :
- porter l’élaboration du Document d’objectifs. Le choix de la collectivité porteuse se fait au sein des collectivités qui se sont portées candidates, par un vote des représentants de l’ensemble des collectivités concernées par le site Natura 2000 ;
- porter l’animation du site une fois le Document d’objectifs approuvé. Le choix de la collectivité se fait de la même manière que pour le portage de l’élaboration du Document d’objectifs ;
- participer au comité de pilotage ;
- élire en leur sein le président du comité de pilotage.