Le Faucon pèlerin est inféodé aux falaises et parois rocheuses dégagées, souvent exemptes de végétation sur leur partie haute où il installe son aire. La présence d’infractuosités et de replats propices détermine en général l’installation. L’espèce est peu exigeante sur son milieu de vie du moment que celui-ci lui procure en quantité des oiseaux de taille moyenne dont il se nourrit quasi exclusivement. Les grandes plaines, les vallées larges et les plateaux ont souvent sa préférence.
Le dérangement des oiseaux à l’aire est une des menaces les plus importantes concernant le Faucon pèlerin. Les activités de pleine nature, escalade ou randonnée, ainsi que les travaux forestiers doivent donc être menés en dehors des périodes critiques, sous peine d’abandon de la nichée. Du fait de sa position de superprédateur, le Faucon pèlerin fut longtemps victime des pesticides organochlorés, entraînant la contamination des œufs qui deviennent impropres à la couvaison. Malgré les changements récents de types de molécules, l’utilisation intense de produits phytosanitaires peut donc être considérée comme néfaste pour l’espèce.
Au rang des activités humaines ayant un impact négatif pour l’espèce on peut citer les risques d’électrocution liés aux lignes électriques proches des lieux de nidification et la perte d’individus, soit par destruction directe (tir) ou désairage (fauconnerie).
Enfin, deux menaces naturelles pèsent également sur le Faucon pèlerin : la dégradation des sites de nidification et la présence du Grand-duc avec lequel la cohabitation est bien souvent impossible, tournant à l’avantage du rapace nocturne.