Le Petit-duc scops, plus petit rapace nocturne de Côte-d’Or, est particulièrement inféodé aux milieux semi-ouverts, chauds et ensoleillés. Présent en quantité importante dans le sud de la France il trouve sur l’Arrière Côte de Beaune des milieux favorables lui prodiguant des arbres creux pour sa nidification et des insectes en quantité suffisante pour son alimentation. Les habitations, en particulier si elles disposent de cavités, peuvent également être utilisées pour la nidification.
La principale menace pesant sur la petite population présente sur le territoire de la ZPS, et faisant que l’espèce semble absente de la côte viticole qui présente pourtant un climat et un habitat favorables à sa nidification, est probablement la restriction des ressources alimentaires. En effet, la présence de gros insectes et notamment de la grande sauterelle verte Tettigonia viridissima est déterminante lors de l’élevage des jeunes. L’extension de l’agriculture intensive, céréalière et viticole, et l’utilisation de biocides associée diminue d’autant les populations de proies pour ce rapace. De plus la question se pose de la nocivité éventuelle de ces composés chimiques par accumulation dans les graisses stockées par l’espèce en vue de sa migration trans-saharienne.
Concernant son habitat, la préservation des lieux de nidification potentiels, allées d’arbres à cavités, vieux vergers, murs en pierre sèche, … sera bénéfique pour l’espèce. Enfin, la neutralisation des poteaux téléphoniques et électriques creux ne pourra être que positif pour cette espèce cavernicole.