Quelques couples de ce rapace spécialiste, le plus grand diurne de Côte-d’Or, se reproduisent dans la ZPS. Ses zones de chasse, qui peuvent avoir des faciès très variables (landes, marais, zones rocheuses, tourbières, pelouses, friches, garrigue, ...), semblent avoir en commun de présenter, au moins par endroits, un couvert végétal peu épais et d’accueillir des populations de reptiles importantes. Les reptiles, et particulièrement les serpents, constituent en effet la majeure partie du régime alimentaire du Circaète, représentant souvent plus de 90% des proies capturées. La nidification se déroule quant à elle dans les bois, généralement sur les versants ou en haut de coteaux et majoritairement sur des résineux.
Pour le Circaète Jean-le-Blanc, les effets des activités humaines peuvent se faire ressentir sur les deux types de milieux, assez distincts, fréquentés par l’espèce durant sa période de nidification. D’une part en milieu forestier où se trouve le nid, il sera recommandé d’éviter le dérangement aux abords de celui-ci lorsque son emplacement est connu ou de manière plus générale s’abstenir de tous travaux forestiers potentiellement dérangeants en période critique. Le maintien d’espèces d’arbres variées et d’arbres remarquables comme les grands pins tabulaires sera bénéfique à l’espèce.
Sur les milieux de chasse, la conservation d’espaces ouverts favorables à la présence de reptiles sera bénéfique, au contraire de la disparition de ces milieux soit par retour à un milieu fermé (forêt) soit par remise en culture (vigne) ou changement d’occupation du sol (construction).