La Communauté d'Agglomération de Beaune, Côte et Sud anime deux sites Natura 2000 :
La ZPS " Arrière Côte de Dijon et de Beaune"
Site de plus de 60 000 ha concerné par la Directive Oiseaux.
La ZSC "Les habitats naturels de l'arrière côte de Beaune "
Site concerné par la Directive Habitats-Faune-Flore