Situés à la limite des départements de la Saône-et-Loire et de la Côte d'Or, la Montagne des Trois Croix domine toute la région entre la Côte de Beaune et la Côte Chalonnaise.
L'ensemble est occupé par des pelouses et des pré-bois de chênes pubescents. Comme pour d'autres secteurs du site, les conditions climatiques arides ont permis l'installation d'une faune d'origine méditerranéenne. Chez les insectes, l'Ascalaphe et la Mante religieuse sont abondantes. On rencontre aussi de nombreux papillons dont le Silène, et le Thècle de l'Acacia, toutes deux espèces méridionales.
Pour l'avifaune, citons le Circaète Jean-le-Blanc, la Pie-grièche écorcheur ou encore l'Alouette lulu.
La flore ne déroge pas à la règle et présente une tonalité méridionale (Erable de Montpellier, Liseron des Monts Cantabrique...) et/ou montagnarde (Inule des montagnes, Coronille faux séné...).
Il est a noter que le versant occidental de la Montagne des 3 Croix présente les formations spécifiques liées aux éboulis. Cet habitat prioritaire est localisé en contrebas de la falaise de Saint-Jean et se constitue de clairières dans la chênaie pubescente du Bois de la Fée. On y observe de beaux et nombreux sujets d'Erable de Montpellier.
