Répartis sur 3 748 hectares et deux départements, le site des « Habitats Naturels de l’Arrière côte de Beaune » peut être divisé en 6 entités géographiques pour les habitats naturels :
1 - La vallée du Rhoin et le ravin d'Antheuil
2 - Le Pas Saint-Martin et les Chaumes de Nantoux et Pommard
3 - Les falaises de Saint-Romain et de Baubigny
4 - Le cirque du Bout du Monde
5 - La Montagne des Trois Croix et le Mont Julliard
6 - Le Mont Rome Château et le Mont Rème